A SuperVia está preparada para atender os espectadores dos Jogos Paralímpicos Rio 2016. Para cerimônia de abertura, no dia 7/09, os ramais Santa Cruz e Japeri funcionarão com intervalos de 15 minutos e trens paradores. Os demais ramais funcionarão com grade horária de sábado, que conta com intervalo reduzido. Até uma hora após o término do evento, serão realizadas viagens extras para os terminais Santa Cruz e Japeri. As estações Central do Brasil, São Cristóvão e Maracanã estarão abertas para embarque e todas as demais somente para desembarque.

Para as competições em dias úteis, os intervalos entre os trens foram reduzidos. O ramal Deodoro terá trens a cada seis minutos e o ramal Santa Cruz a cada oito. Até uma hora após o término das competições noturnas no Estádio Olímpico (Engenhão), haverá, de acordo com a demanda de passageiros, o serviço especial Engenho de Dentro -  Central do Brasil, com paradas também nas estações Maracanã e São Cristóvão.

Nos fins de semana, os intervalos também serão reduzidos nos ramais Santa Cruz e Japeri. Trens extras poderão ser disponibilizados conforme a demanda de passageiros.

Para os espectadores das competições noturnas, que terminam após o encerramento da operação comercial da SuperVia (às 23h), haverá trens extras partindo da estação Central do Brasil com destino a Japeri e Santa Cruz até 2h10, com intervalos médios de 40 minutos.

As estações abertas para embarque durante este período (das 23h às 2h10) são: Central do Brasil (até 2h10), Madureira (até 2h35), Vila Militar (até 2h50) e Magalhães (até 2h50). As demais estações estarão abertas somente para desembarque.

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