Os ramais Santa Cruz e Deodoro seguem interligados. Nos dias úteis, os trens expressos da estação Santa Cruz com destino à Central do Brasil partem entre 3h50 e 13h46. Já as viagens expressas da Central do Brasil para Santa Cruz ocorrem das 9h48 às 19h20. Da abertura da operação até 9h23, os trens realizam serviço parador. No sentido contrário (Santa Cruz para Central do Brasil), os trens também circulam como paradores das 14h06 até o fim da operação.

Vale lembrar que, entre Santa Cruz e Deodoro, o trem expresso para em todas as estações. No trecho entre Deodoro e Central do Brasil, o trem para somente nas estações Madureira, Olímpica de Engenho de Dentro, Maracanã, São Cristóvão e Central do Brasil.

Além de partidas de/para o terminal Santa Cruz durante todo o dia, nos dias úteis, temos partidas de Campo Grande para a Central do Brasil entre 5h19 e 7h39.

Já no ramal Deodoro, nos dias úteis, temos viagens entre 5h05 e 14h54, partindo de Deodoro para Central do Brasil, e da Central do Brasil para Deodoro, entre 4h10 e 18h47. Todas essas viagens serão realizadas em trens de 4 carros. Fora desses horários, o ramal será atendido com trens paradores dos ramais Japeri e Santa Cruz em ambos os sentidos.

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No ramal Japeri, do início da operação até as 9h33, os trens partindo da Central do Brasil para Japeri circulam como paradores. No sentido contrário (Japeri para Central do Brasil), os trens também circulam como paradores das 15h até o fim da operação.

As viagens expressas de Nova Iguaçu para Central do Brasil são realizadas entre 5h22 e 7h22. Já partindo da Central do Brasil para Nova Iguaçu essas partidas estão programadas entre 16h37 e 18h47.

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A operação no ramal Saracuruna é dividida em dois trechos nos dias úteis.

No primeiro deles, temos partidas da Central do Brasil para Gramacho e de Gramacho para a Central do Brasil. O segundo é compreendido entre Gramacho e Saracuruna, em viagens que atendem a todas as estações deste trecho em ambos os sentidos.

Nos dias úteis, no pico matutino, teremos 4 viagens diretas de Saracuruna para Central do Brasil com previsão de partida para às 4h10, 4h40, 5h10 e 5h40, no sentido contrário as duas primeiras viagens também serão diretas (Central do Brasil-Saracuruna). Já no pico vespertino, partindo da Central do Brasil para Saracuruna estão previstas para às 16h46, 17h16, 17h46 e 18h16, também tendo mais 4 viagens diretas no sentido contrário (Saracuruna-Central do Brasil). E partindo da Central do Brasil as duas últimas viagens também serão diretas. 

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Os trens deste ramal operam por grade horária e atendem a todos as estações do trecho entre Belford Roxo e Central do Brasil, em viagens paradoras.

Nos dias úteis, temos duas viagens expressas no ramal Belford Roxo. Às 6h16, temos um trem partindo da estação Belford Roxo sentido Central do Brasil e, às 17h36, temos um trem partindo da Central do Brasil para Belford Roxo. Ambas as viagens realizam parada nas estações Coelho da Rocha, Agostinho Porto, Pavuna/São João de Meriti, Mercadão de Madureira, Pilares, Triagem, Maracanã e São Cristóvão.

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A extensão Paracambi se conecta ao ramal Japeri e funciona com grade horária programada tanto nos dias úteis quanto nos finais de semana e feriados.

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A extensão Vila Inhomirim se conecta ao ramal Saracuruna e as partidas ocorrem em horários programados.

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A extensão Guapimirim se conecta ao ramal Saracuruna e as partidas ocorrem em horários programados.

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